Учитесь у знатоков: всей жизни не хватит на то,
чтобы прийти ко всему самостоятельно.
Брайан Трейси

Младший научный сотрудник лаборатории молекулярно-генетических и микробиологических методов Низамов Ш.Р. выступил на семинаре с докладом на тему «Биоинформатика в МГММ».

Шамиль Ринатович рассказал, что биоинформатика – наука, являющаяся междисциплинарной областью, которая объединяет биологию, информатику, математику и статистику для анализа больших объемов биологических данных. Она использует вычислительные методы и программы для решения сложных биологических задач, таких как расшифровка геномов, разработка лекарств и персонализированная медицина, путем интерпретации молекулярно-биологических данных.

Особое внимание докладчик уделил своим исследованиям по теме «Особенности экспрессии генов в мышечной системе приматов». Представил как проходит изучение особенностей экспрессии генов и механизмов ее регуляции в скелетных мышцах человека с учетом индивидуальных особенностей доноров и различий между типами мышц для лучшего понимания патологических процессов и определения молекулярных мишеней для разработки методов лечения мышечных заболеваний.

Исследование основано на методе кэп-анализа экспрессии генов (Cage analysis of gene expression – CAGE), который локализован в России только в НИЛ «Регуляторная геномика» в Казанском федеральном университете. Подготовка CAGE-seq библиотек заключается в выделении тотальной РНК, которые затем захватываются ловушкой для КЭПа и на ее основе синтезируется кДНК, и CAGE тэги считываются с 5’-концов кДНК. Далее идет секвенирование коротких (~ 27 п.н.) CAGE тэгов, после которого при выравнивании последовательности на геном можно определить сайты инициации транскрипции и измерить уровень активности генов (рис. 1).

Рис. 1 – Схема подготовки CAGE библиотек

Участники семинара отметили, что материал представлен докладчиком логично и увлекательно. Присутствующие задавали вопросы, уточняли перспективы и инновации в биоинформатике.

В лаборатории МГММ Низамов Ш.Р. приступил к работе в группе биоинформатики совместно с м.н.с. Сухановым А.Ю. В данный момент их деятельность сосредоточена на исследовании сигнальных пептидов, предсказанных с использованием инструмента SignalP 6.0, в штаммах, составляющих основу коллекции лаборатории МГММ.

Немного об авторе. Низамов Ш.Р. в 2016-2020 гг. закончил кафедру микробиологии ИФМиБ КФУ (бакалавр), в 2020-2022 гг. – кафедру зоологии и общей биологии ИФМиБ КФУ (магистр), в 2022 г. поступил в аспирантуру ИФМиБ КФУ. В рамках стажировки KK DNAFORM (Йокогама, Япония, 2023 г.) Низамовым Ш.Р. освоены методики сверхбыстрого анализа генома на основе серверного программного обеспечения AAS-G1 (в быстром режиме AAS-G1 может анализировать геном человека менее чем за 8 минут), включая подготовку необходимых файлов для анализа, установку и настройку программного обеспечения AAS-G1 и непосредственно анализ данных.